Ο Γιάννης Παναγόπουλος είναι Πρόεδρος της Γενικής Συνομοσπονδίας Εργατών Ελλάδας (ΓΣΕΕ) από το 2006 και Πρόεδρος του Ινστιτούτου Εργασίας (ΙΝΕ ΓΣΕΕ). Με την εκλογή του εργάστηκε σε θέσεις ευθύνης, ως Γραμματέας Οργανωτικού και της Γραμματείας Τύπου και Δημοσίων Σχέσεων.